尼科-科瓦奇作为克罗地亚的功勋老臣，在2009年从萨尔茨堡退役之后便开始了教练生涯，他先是担任萨尔茨堡青年队主教练，后来成为一线队主力教练。2013年，科瓦奇受到祖国的邀请，成为克罗地亚U21国家队主教练。不过由于克罗地亚在世界杯预选赛中表现不稳定，主帅斯马蒂奇被解雇，年轻的科瓦奇被委以重任，担任克罗地亚队主帅。

　　2016年3月8日，尼克-科瓦奇成为法兰克福主帅，双方签约至2017年。2017/18赛季，科瓦奇带领法兰克福夺得了德国杯冠军，决赛中他们战胜了德甲霸主拜仁；

　　2018年4月13日，拜仁慕尼黑俱乐部官网宣布，科瓦奇将从7月1日起成为拜仁主帅，双方签订了一份为期三年的合同。上任后他便带领拜仁在2018德国超级杯中战胜了老东家法兰克福，夺得了加盟拜仁之后的第一个冠军。2019年11月3日，德甲拜仁慕尼黑俱乐部发布公告称，科瓦奇不再担任球队主教练一职。

　　2020年7月19日，法甲球队摩纳哥宣布科瓦奇成为球队新任主帅。